Grunnleggende prinsipper for antigenpeptidseleksjon

For å oppnå de beste resultatene i å produsere antistoffer, er det nødvendig å nøye utforme antigenpeptidet.
Designet skal oppfylle en grunnleggende betingelse: Under immuniseringsprosessen vil antigenet ikke produsere en overdreven immunrespons, men samtidig kan det produsere antistoffer med evne til å binde seg til proteinet av interesse.
Selv om antigendesign er et veldig komplekst tema med mange detaljer som må tas hensyn til, basert på vår akkumulerte erfaring, er det flere viktige grunnleggende designprinsipper som kan gis som referanse.

Når du starter et nytt forskningsprosjekt, er det nødvendig å avklare noen grunnleggende egenskaper ved proteinet av interesse, spesielt hvis det å kjenne strukturen til proteinet vil være til stor hjelp for å velge gjenkjenningsregioner som antistoffet lett kan få tilgang til og gjenkjenne. Men i fravær av slik presis strukturell informasjon (som stort sett er tilfellet), påvirker forståelsen av formålet med studien strategien for peptiddesign. For eksempel: Hvis forskningsfokuset er på forskjellige regioner av proteinet, f.eks. C-terminal eller N-ende, eller proteinet i en spesifikk tilstand, slik som fosforylering, etc., så bør polypeptidet designet i henhold til den nødvendige sekvensen og det tilsvarende antistoffet som genereres, ikke ha store problemer med påføring. Imidlertid vil konformasjonen av proteinet påvirke interaksjonen mellom antistoffet og dets gjenkjenningsregion. Et mulig problem i denne situasjonen er at hvis gjenkjennelsesregionen i det foldede proteinet er skjult inne i proteinet, vil ikke antistoffet kunne få tilgang til denne regionen. (Kan ikke samhandle).

Generelt sett bør den mest ideelle antigene gjenkjenningsregionen være hydrofil, lokalisert på proteinoverflaten og strukturelt deformerbar. Fordi i de fleste naturlige miljøer har hydrofile områder en tendens til å være konsentrert på proteinoverflaten, mens hydrofobe områder ofte er pakket inn i proteinet. Av samme grunn kan antistoffer bare samhandle med gjenkjennelsesregioner som finnes på proteinoverflaten. Når disse gjenkjennelsesområdene har tilstrekkelig strukturell deformerbarhet til å flytte til posisjoner der antistoffet kan komme i kontakt, vil de ha høy affinitet med antistoffet.

En kontinuerlig region refererer til en gjenkjenningsregion sammensatt av kontinuerlige aminosyresekvenser. De fleste antistoffer er rettet mot kontinuerlige gjenkjenningsregioner. Antistoffers evne til å binde seg til slike områder med høy affinitet indikerer at denne sekvensen ikke er innenfor proteinet. Den diskontinuerlige gjenkjenningsregionen representerer en polypeptidsekvens med en viss fold, eller gjenkjennelsesregionen til et antistoff som forbinder to separate polypeptider sammen. I noen tilfeller kan antistoffer mot slike diskontinuerlige gjenkjennelsesregioner også produseres, men antigenpolypeptidet som brukes til immunisering må ha en sekundær struktur som ligner den diskontinuerlige gjenkjenningsregionen, og lengden på sekvensen må oppfylle relevante krav.

For å unngå risikoen for at gjenkjennelsesregionen skjules inne i proteinet, anbefaler vi vanligvis å velge et N, C-tilsvarende antistoff produsert i begge ender. Fordi i intakte proteiner, N, C. Begge ender er vanligvis eksponert på proteinoverflaten. Det er imidlertid viktig å merke seg at membranproteiner C Enden er for hydrofob og er ikke egnet som antigen.

Generelt anbefaler vi at sekvenslengden til antigenpolypeptidet er mellom 8-20 aminosyrerester. Hvis det er for kort, er det en risiko for at peptidet blir for spesielt og affiniteten (bindingsevnen) mellom det produserte antistoffet og det naturlige proteinet blir ikke sterk nok. Tilsvarende, hvis sekvenslengden overstiger 20, er det mulig å introdusere sekundære strukturer og de produserte antistoffene kan miste spesifisitet. Dessuten, jo lengre peptidkjeden er, desto vanskeligere er det å syntetisere, noe som gjør det vanskelig å få produkter med høy renhet.

Grunnleggende prinsipper: Legg til bærerproteinet til enden langt unna antistoffgjenkjenningsregionen, som ikke er inkludert i sekvensen. Cys I tilfellet med N eller C end pluss Cys Den foretrukne metoden for kryss-linking.

MacVecfor TM; DAN star TM; PC-Gene TM