Til dags dato har mer enn 200 antimikrobielle peptider blitt isolert fra forskjellige organismer, med over 170 avledet fra insekter alene. Disse peptidene er klassifisert basert på deres opprinnelse og strukturelle egenskaper.
Lineære peptider med spiralformet struktur
Cecropins var de første antimikrobielle animalske peptidene som ble oppdaget; de ble isolert fra pupper av den amerikanske silkemotten (*Hyalophora cecropia*) av Boman et al. i 1980.
Lineære peptider rike på spesifikke aminosyrer
Apidaeciner er prolin-rike peptidantibiotika isolert fra honningbier. De består typisk av 16–18 aminosyrerester, med prolininnhold på opptil 33 % og arginininnhold på opptil 17 %. Apidaeciner viser sterk aktivitet mot visse gram-negative bakterier, men er ineffektive mot gram-positive bakterier.
Peptider som inneholder en enkelt disulfidbinding
Dette er en liten klasse antimikrobielle peptider. Det første peptidet av denne typen som ble oppdaget var baktenecin, avledet fra bovine nøytrofiler. Den inneholder 12 aminosyrer-inkludert fire argininrester-og danner en disulfidbinding mellom den andre og den ellevte resten.
Peptider som inneholder to eller flere disulfidbindinger
Defensiner er de prototypiske representantene for denne klassen. De opprinnelig oppdagede -defensinene, avledet fra pattedyrvev, inneholder vanligvis 29–34 aminosyrerester; seks konserverte cysteinrester danner tre intramolekylære disulfidbindinger. I tillegg er argininrester i posisjon 6 og 15, så vel som en glycinrest i posisjon 24, konservert.
Lantibiotika
Lantibiotika er peptidantibiotika produsert av bakterier; de er genetisk kodet, syntetisert på ribosomer og gjennomgår post-translasjonsmodifisering for å inkludere spesifikke organiske grupper. Nisin er den mest omfattende studert blant dem.
